Malgré les sollicitations de Marisol Touraine, la ministre de la Santé, qui souhaitait que l'Agence européenne du médicament (EMA) limite l'utilisation des pilules de 3e génération, cette dernière, basée à Londres, a confirmé sa position dans un communiqué : « Il n'y a actuellement aucune nouvelle preuve suggérant un changement dans le profil de sécurité connu des pilules combinées commercialisées actuellement. Il n'y a de ce fait aucune raison que les femmes arrêtent leur contraception. »
Aujourd'hui entre 2 et 2,5 millions de Françaises utilisent une pilule de 3e ou de 4e génération comme contraceptif régulier, soit la moitié des femmes qui ont recours à la pilule. Or ces pilules de dernière génération sont censées être prescrites uniquement pour les patientes qui ne supportent pas celles de 1re ou de 2e génération. L'Agence française du médicament (ANSM) et la Haute autorité de santé (HAS) ont multiplié les conseils et les rappels aux praticiens dans ce sens. Sans succès.
La prise de position de l'EMA est, pour certains professionnels, une aberration. La Fédération des médecins de France (FMF) a publié un communiqué dans lequel elle demande le retrait des pilules incriminées et annonce qu'elle va porter plainte contre l'ANSM. Autre réaction, celle de Michèle Rivasi, députée européenne et vice-présidente du groupe écologiste au Parlement européen, qui tient un discours plus pondérée, affirmant que la déclaration de l'EMA est incompréhensible sans demander un retrait définitif. Elle argumente que le rapport sur lequel se fonde l'EMA est caduque (il date de 2011) et que les échantillons de personnes testées ne sont pas pris en compte « dans l'analyse du rapport bénéfices/risques de ces pilules contraceptives ». Mais pour elle, la prescription de pilules de dernière génération ne nécessite qu'une restriction quand elles n'apportent pas d'amélioration.
Autre polémique autour des pilules de dernière génération : leur prix qui varie du simple au quadruple selon Le Parisien. Il existe, selon leur enquête, 63 pilules de 3e (51) et de 4e (12) génération pour 13 pilules de 2e génération. Sur la totalité, 11 seulement sont remboursées par la Sécurité sociale. Souvent, la composition d'une pilule contraceptive se retrouve dans plusieurs produits : ainsi, Meliane, commercialisée par les laboratoires Bayer et vendue en moyenne 37,50 euros, a un générique, aux propriétés identiques donc, vendu par Actavis, qui coûte moins de 10 euros.