Au lendemain de sa nomination à la tête du Ministère des Affaires etrangères, on apprend que Alain Juppé conservera quand même la Mairie de Bordeaux. Il sera moins présent à Bordeaux du fait du nombre des déplacements incombant à ses nouvelles fonctions. Mais il pourra en outre s’appuyer sur l’équipe déjà en place à Bordeaux.
Alain Juppé a expliqué que François Fillon lui-même avait des fonctions à la fois locales et ministérielles. Cette double casquette ne plaira sans doute pas beaucoup, mais Alain Juppé s’en défend en disant que « tout est question d’organisation, d’emploi du temps ». De plus, il ne fait pas office d’exception, pour exemple, le maire de Nice, Christian Estrosi était également ministre de l'Industrie en 2009-2010.
Ce cumul des mandats avait été interdit sous le ministère de Lionel Jospin (entre 1997 et 2002). Il avait quand même octroyé le droit à certains membres du gouvernement de se présenter aux élections municipales en 2001.